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Un estudio dice que

Un estudio dice que es bueno tomar un vaso de cerveza después de hacer ejercicio. Otro que el chocolate adelgaza. Resulta que han descubierto vida fuera del Sistema Solar. Y que se pierde la mayor parte del calor por la cabeza. Las típicas cosas que se oyen por ahí, que comenzaron siendo un titular que decía un estudio dice que y que han ido derivando. Pero, ¿fue eso que circula por ahí alguna vez verdad? En esta charlilla nos hablan de esas cosas, del publish or perish, de los programas gubernamentales y del papel de los medios en todo el asunto.

Tenemos que ser más escépticos, hermanos.

Más

Ni la cerveza cura ni el vino adelgaza en El Comidista

Cochrane

Curso no convencional de LaTeX: un documento científico

Vamos a hablar del caso en el que LaTeX da lo mejor de sí mismo: un documento científico. Con esto me refiero a libros técnicos, tesis, artículos… ya me entendéis. No tienen por qué hablar necesariamente de ciencia, si me centro más en ellos es porque es mi campo.

La característica esencial de un documento científico es su formato rígido que en muchas ocasiones nos viene impuesto, ya sea por una revista o universidad o por las propias costumbres de nuestra disciplina. Por ejemplo, una tesis suele estar dividida en capítulos, debe tener referencias bibliográficas con un estilo determinado y se inicia con un índice general, uno de tablas y otro de figuras así como con un glosario de términos. También suele llevar un resumen del contenido al principio y se separa el trabajo adicional en apéndices. Todo esto implica diferentes formatos para las partes (numeración de las páginas y secciones, estilo de los encabezados…) y cierta planificación. Sin planificar se puede uno volver completamente tarumba, lo digo conocimiento de causa, el control de versiones me salvó más de una vez de romper la tesis sin remedio.

Es por ello que primero veremos cómo organizar el documento en cuestión y luego haremos un índice, un glosario y hasta unas lista de referencias.

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Mi artículo científico

Con el tema de la tesis escribí un artículo científico que me han publicado finalmente en Mechanical Systems and Signal Processing. Ya sabéis de sobra que yo soy bastante crítica con el funcionamiento de las revistas, así que a pesar de que no me ha quedado otra que mandar mi trabajo a una, voy a aprovechar todas las opciones de compartir el artículo que me dan:

  • Hasta el 17 de febrero podéis acceder a la versión definitiva aquí, en el link de compartir que me han mandado los de la revista por ser yo el autor number one.

  • Inserto el accepted manuscript aquí debajo

  • Si alguien me respalda subo el accepted manuscript a arXiv

Si se os ocurre alguna manera más de compartirlo que cumpla los requisitos de Elsevier me decís y la miro. Espero que os guste mi curro, lo he hecho con mucho cariño 😉

Lo que he aprendido: escribiendo un artículo científico en Latex y Markdown

Para el tema de la tesis te mandan que escribas cosas y las publiques en sitios de ética dudosa, es decir, en revistas científicas indexadas. En estos sitios te suelen exigir que les mandes el manuscrito (me encanta esta palabra) en un formato determinado1, generalmente hay plantillas tanto para Latex como para Word2. Evidentemente, me niego a usar la segunda opción, así que no me queda otra que usar Latex. Como me gusta hacer las cosas de la manera más difícil, decidí que en lugar de escribir en Latex directamente, iba a escribir en Markdown y probar a ver qué pasaba. Pues lo conseguí y enseguida os cuento cómo.

Necesitamos:

  • El document class según el que tenemos que escribir el artículo, en mi caso será la clase elsarticle, que es un paquete dentro de MikTeX directamente
  • El archivo de estilo de las citaciones para la revista en concreto. Lo podemos buscar en el repositorio de Zotero
  • La plantilla .latex en la que cargaremos paquetes, daremos formato … Tenéis la mía aquí (quitad el .tex si la queréis guardar que es solo para que me resalte la sintaxis)
  • Un archivo .bib donde tendremos los artículos para citar
  • Un archivo YAML para las opciones que queramos tener aparte, evitable si ponemos la info al principio del propio Markdown
  • Un Makefile
  • El archivo (o archivos) donde escribiremos el artículo en sí en Markdown

¿Os resulta conocido esto? Porque debería, ya que es de lo que hablábamos aquí y que he querido especificar para el caso concreto de un artículo de revista 😉

Tenemos varios problemas, si comparamos con el caso general en que queríamos sin más un pdf:

  • Tiene que poder ser compilado en una distribución de Latex estándar
  • La bibliografía hace cosas locas
  • Las imágenes eps también hacen cosas locas
  • Crossref nos pone fig. para las figuras y eq. para las ecuaciones y queremos Figure y Equation

La idea para solventar estas cosas es crear un archivo de Latex a partir del Markdown y luego compilar ese Latex en otro programa, en mi caso TeXStudio. Además nos hace falta que cambie los nombre de las figuras y ecuaciones, que quite citet y ponga cite y quite el  .bib del archivo de bibliografía (por algún motivo TeXStudio le añade otro  .bib detrás y la organiza). Para eso pasamos el tex generado por un buscar y reemplazar en plan pro que nos genera nuestro hermano teleco en el Makefile3:

En resumen, podemos usar la misma estructura de archivos que teníamos para el resto de nuestros documentos científicos (¡la tesis!) teniendo en cuenta un par de pequeños cambios en el Makefile y no tenemos por qué recordar la sintaxis de Latex que ya habíamos olvidado porque escribimos todo (hasta los mails) en Markdown. Y lo mejor de todo: una vez que tenemos esto hecho es perfectamente reutilizable para escribir miles de millones de artículos, eso sí, de Open Access a poder ser 🙂

Fuentes

Instrucciones de Latex de Elsevier

FAQ de la clase Elsarticle


  1. Como no tienen bastante con enriquecerse con tu curro encima tienes que hacerles el trabajo sucio y ponerles todo muy cuco y como ellos manden, ya véis que dura es la vida del investigador… 
  2. Digo formato Word y no doc o docx porque están claramente pensados para usarlos en Word y no en ninguna de las opciones libres. Si no me creéis haced la prueba. 
  3. Esto es un truco sucio pero nos vale para este caso y lo usaremos a falta de una solución mejor.