Gestores bibliográficos: hay que usarlos más

Me suelen preguntar cómo caí en el LaTeX y en el Emacs y siempre digo que fue porque necesitaba herramientas que no trabajaran en mi contra. Un tema en el que las herramientas por las que una se decante son determinantes es, en mi opinión, la gestión de la bibliografía. Que es un asunto que no preocupa a mucha gente, pero yo soy una académica: mi vida es leer cosas que no entiendo que me llevan a otras cosas que no entiendo y tengo que organizarlas de alguna manera. De alguna manera en que las pueda volver a encontrar, claro. Para esto hay algo que me resulta indispensable: un gestor bibliográfico.

La idea

Un gestor bibliográfico permite almacenar y organizar nuestras referencias (libros, artículos, normas, páginas web) para luego poder citarlas con facilidad y coherencia. De esta manera, cuando estamos escribiendo nos podemos despreocupar de seguir un estilo concreto cuando referenciemos una obra ya que nuestro programa lo hace por nosotros; no tenemos que preocuparnos por haber traspapelado aquel pdf donde se explicaba el método que estamos programando porque lo tendremos enlazado en nuestra base de datos y podremos buscarlo; cuando nos rechacen el paper y queramos enviarlo a otra revista que nos piden estilo de cita Harvard no estaremos tres años cambiando las referencias porque hemos usado Chicago en el anterior, porque nuestro programa lo hará solito.

Además de que me resuelva estos problemas, verídicos todos y cada uno, le pido varias características a mi gestor:

  • Integración con mi editor de texto: que pueda referenciar documentos con facilidad desde mi editor y que me cree una bibliografía automáticamente con el estilo que le pida. Como yo generalmente escribo en LaTeX, necesito que me exporte un archivo de bibliografía bib; para trabajar con un editor como Libre Office Writer, se necesita una extensión que conecte el editor y el gestor.

  • Búsqueda en mi base de datos: que pueda buscar por título, autor, palabra clave…

  • Base de datos local y exportable: que me enlace los documentos y la información bibliográfica, se pueda acceder a ellos desde el propio gestor y no estén en la nube.

  • Anotaciones: que pueda añadir notas a las referencias.

  • Software libre: me enseñaron a usar RefWorks durante la tesis y tenía compañeros que usaban Mendeley pero, o bien hay que depender de que tu institución apoquine por el servicio, o hay que confiar en que no cambien el estándar y tu base de datos no sea accesible nunca más. El software libre es la solución.

En mi carrera investigadora (qué bien suena pero qué cúmulo de precariedad es), he usado dos gestores que cumplen todas las exigencias: Jabref y Zotero.

Jabref

Jabref es el programa que uso para gestionar mi(s) bibliografía(s) desde hace años. Me gusta porque es sencillo y trabaja directamente con un archivo de texto plano que tengo bajo control de versiones. En las últimas versiones es además capaz de descargar el texto completo si es de acceso abierto y puede extraer la información bibliográfica de un archivo.

Jabref tiene esta pinta:

jabref

Como veis is muy sencillo: a la izquierda hay barra de búsqueda en la web (si no os aparece: Search > Web Search), el resto es la base de datos con su título, autor y demás información. Si entramos en una entrada de la base de datos podemos añadir o cambiar la información, que dependerá del tipo de referencia. Si nos faltan datos, Jabref nos marcará la entrada en rojo, también nos pone advertencias cuando el formato de un campo no es correcto.

Un tema interesante es el pdf pequeñito de la columna de la izquierda, eso significa que tenemos un pdf enlazado, o bien porque Jabref lo ha encontrado en algún repositorio o porque lo hemos metido en la carpeta de los artículos y lo hemos denominado como la clave (lo que aparece en la columna de la derecha del todo). Así, podemos echar todos nuestros archivos sin ningún tipo de control en una carpeta mientras seamos coherentes a la hora de nombrarlos. Por ejemplo, para la bibliografía del artículo que estoy escribiendo ahora mismo, tengo una carpeta junto al archivo bib cuyo contenido es el siguiente:

archivos

Como veis, los nombres de los archivos coinciden con la columna de la derecha del Jabref. Así Jabref los localizará y podemos olvidarnos de dónde están los pdfs porque ahora solo con hacer click en el pdf chiquitico Jabref nos lo abrirá. Para localizar los archivos automáticamente hay que decirle a Jabref en qué carpeta están (File > Library properties > General file directory) y luego se le da al F7 o al iconito del papel con la lupita. Lo encontráis volando. También podemos enlazar los archivos a mano y varios para una misma entrada, incluso.

Tenemos la posibilidad, además, de comprobar si todos los archivos de la carpeta están enlazados en la base de datos por si nos venimos arriba descargando cosas (ay, el Diógenes electrónico) y el propio Jabref extraerá la información que pueda de cada archivo y nos generará una entrada en la base de datos (en Quality > Find unlinked files).

En fin, no cuento más sobre cómo funciona el programa porque como se entiende de verdad es usándolo. Yo aquí estoy solo para picar. Lo que sí que me gustaría es compartir mi proceso de trabajo:

  • Creo un archivo bib para el nuevo tema que estoy investigando.

  • Si quiero un artículo concreto lo busco desde la barra de búsqueda web de Jabref; si estoy haciendo una búsqueda más general, busco directamente en una base de datos. Generalmente todas las bases de datos (y las revistas) permiten descargar un bib para la referencia que nos interesa. En Scholar hay que activar la opción de que muestre los enlaces para importar la referencia a BibTeX en la configuración para ello.

  • Si la base de datos no me da la información bibliográfica como yo quiero, uso la extensión de Firefox JabFox que extrae esta información de una página y la envía a Jabref. Es interesante para cuando estás leyendo el abstract de un paper en la página de un journal1 o cuando hay una lista de referencias que queremos exportar juntas, por ejemplo, del Scholar.

  • Le digo a Jabref que me busque el pdf por ahí usando la lupa que hay en la pestaña General. Si no me lo encuentra tiro de magia negra.

  • Me “leo” el artículo y anoto en la pestaña de review lo que opino al respecto junto con alguna cita literal o palabra clave que luego me vaya a ayudar a encontrar la información cuando escriba y así no tener que leer todo otra vez.

  • Elijo el estilo de cita y de bibliografía que quiero y llamo a mi referencia bibliográfica cuando la necesito. Esto depende del editor, claro, ya conté cómo lo hago en LaTeX con BibTeX. En el Writer se hará distinto

Zotero

Zotero tiene un concepto diferente: guarda nuestras referencias en una base de datos SQL en lugar de un archivo de texto plano. El trabajo con Zotero, por lo tanto, es también diferente: no empezamos con un archivo en blanco sino con una nueva colección a la que le añadiremos elementos.

Al igual que Jabref, Zotero es capaz de buscar el texto completo en repositorios abierto y tiene una extensión para descargar los artículos con DOI directamente de Sci-Hub y que yo jamás recomendaría a nadie que utilizara, ¿qué queremos? ¿desmontar el negocio de las publicaciones científicas?

Zotero tiene una pinta similar a Jabref, con diferentes chirimbolos para designar a los artículos, libros y demás. Es impresionantemente intuitivo en mi opinión: añadir un pdf o nota a una referencia es sencillísimo (¡hurgad!) y tiene una búsqueda avanzada molona.

zotero

Mi forma de trabajar con Zotero es similar aunque varía en un par de cosas, seguramente porque llevo años usando Jabref:

  • Creo una nueva colección para el tema que estoy investigando.
  • Busco lo que quiero en alguna base de datos como Base, o Scholar si no me queda otra.
  • Envío las referencias que me interesan a Zotero con el conector de Firefox.
  • Si tengo acceso, descargo los textos completos desde el repositorio abierto. Curiosamente, la extensión de Sci-Hub descarga el pdf automáticamente cuando añadimos una referencia, pero, de nuevo, no la uséis.
  • Leo y anoto lo que tenga que leer y anotar.
  • Si voy a escribir en LaTeX, exporto un bib y trabajo de la manera habitual, si voy a usar el Writer uso la maravillosa extensión de Zotero que permite elegir el estilo de cita, citar y crear la bibliografía con un par de botoncicos.2.

Me encanta tanto la extensión del Writer que he grabado un screencast en el que se me ve el Windows, imaginad:

Se puede citar con superíndice y con cita al pie en lugar de hacer una bibliografía final, todo es configurar.

Conclusión

¿Merece la pena dedicarle una tarde a organizarse un sistema para gestionar las referencias? Pues, sinceramente, sin un gestor así yo no hubiera acabado la tesis, no tengo capacidad intelectual de gestionar los varios cientos de referencias que manejaba3.

En fin, este es en mi opinión un caso claro de que “perder el tiempo” en elegir un sistema evita perder el tiempo en el futuro. Por eso lo que he hecho ha sido explicar poco cómo se usa un gestor y más qué evita. Porque soy malvada.

Contadme qué tal, anda.

Referencias

Ayuda de Jabref

Guía de inicio rápido de Zotero

Documentación de Zotero

El repositorio de estilos de cita de Zotero


Aunque me corra el punk por las venas:


  1. Sí, hablamos así. 
  2. También hay para Word, desgraciadamente. 
  3. Bueno, igual la ansiedad, el síndrome del impostor y el bruxismo sin diagnosticar que me provocó vértigos durante años tuvieron algo que ver, pero eso lo dejamos para otro día. 

15 pensamientos en “Gestores bibliográficos: hay que usarlos más

  1. Marcel

    Hola!
    ¡El gestor de bibliografía es esencial para el trabajo académico. Yo usé hace mucho jabref pero sobretodo zotero. En general funciona estupendamente.
    ¡Gracias por el artículo!

    Responder
  2. tuna

    Grandioso artículo gracias por compartirlo y más ahora que me voy a empezar la tesis. En lo que difiero es en lo de “desmontar el negocio de las publicaciones”, ya que la mayoría de las investigaciones se hacen con recursos públicos por lo que deberían ser de libre distribución. Sin mencionar que quienes se llevan la pasta que genera no son investigadores pero eso es harina de otro costal. Saludos

    Responder
    1. Ondiz Autor de la entrada

      Gracias a ti por leer.

      Lo de las publicaciones científicas es ironía: no puedo ir por ahí diciendo a la gente que piratee como si no hubiese un mañana.

      Yo solo pongo ahí unos enlaces para no usar.

      Responder
      1. Tuna

        Bueno, eso si 😀.
        Zotero me vino perfecto y ya me acomodé con el complemento de libre office, gracias 😃😃😃.

  3. Anónimo

    Hola.

    Buen artículo sobre bibliografía, pero he estado viendo lo que hay publicado en Github sobre el curso de LaTeX (como lo hago) y veo que usas include e input. Hay cosas que están muy bien de ambos comandos, pero te recomiendo que le des un vistazo al paquete import.

    Es un paquete pequeño, pero que da una flexibilidad absoluta para reorganizar la carpeta de trabajo, básicamente le dices que carpeta será la nueva raíz, y el fichero a importar (input o include) y a partir de ese momento, cambia la “raiz de compilación”, es como tener módulos de. En mi caso me he hartado de utilizarlo y se puede anidar!!!!, una genialidad.

    Saludos.

    Responder
  4. Diego

    ¡Hola! Muchas gracias por tu post, muy instructivo y he descubierto por ejemplo el conector de Zotero y SciHub que no usaré nunca jamás… Una pregunta: ¿utilizas ambos al mismo tiempo de manera rutinaria o te has pasado exclusivamente a zotero? Lo pregunto porque como se superponen funciones, no sabía si usabas uno para tal cosa y el otro para otra, o solo usas uno.

    ¡Gracias! Y enhorabuena por el post.
    Diego.

    Responder
    1. Ondiz Autor de la entrada

      ¡Hola!

      Uso generalmente Jabref, al escribir en LaTeX me resulta más práctico trabajar directamente sobre el bib. La cuestión es que todos a mi alrededor usan Zotero y, picada por la curiosidad, investigué y descubrí lo práctico que es que se descarguen solos los pdfs y lo bien que funcionan las referencias a páginas web.

      Y vivo entre dos aguas ahora: para el trabajo académico tradicional tiro más de Jabref; para el vicio investigador, de Zotero.

      ¡Gracias a ti por leer y comentar!

      Responder
  5. Nuria Jaumá

    Hola
    He llegado a tu blog por una receta de bizcocho, pero me gustan muchas otras cosas.
    Hace unos años hice un Master en Análisis e historia de la arquitectura.
    Tenía todas las referencias en Refworks , pero al dejar de ser alumna ya no podía acceder a la cuenta y lo perdí todo.
    Probaré los programas que dices. Muchas gracias

    Responder
    1. Ondiz Autor de la entrada

      ¡Hola!

      Qué curioso, pasa mucho que alguien viene por LaTeX y hace un bizcocho, pero pasa menos lo contrario 🙂

      Sí, es lo malo del software privativo, si yo caí en estos programas fue precisamente por eso: en el master nos enseñaron RefWorks pero luego… A ver si conseguimos que cambien un poco las instituciones.

      Espero que te resulte útil, ya contarás.

      ¡Saludos!

      Responder

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