Lo que he aprendido: escribiendo un artículo científico en Latex y Markdown

Para el tema de la tesis te mandan que escribas cosas y las publiques en sitios de ética dudosa, es decir, en revistas científicas indexadas. En estos sitios te suelen exigir que les mandes el manuscrito (me encanta esta palabra) en un formato determinado1, generalmente hay plantillas tanto para Latex como para Word2. Evidentemente, me niego a usar la segunda opción, así que no me queda otra que usar Latex. Como me gusta hacer las cosas de la manera más difícil, decidí que en lugar de escribir en Latex directamente, iba a escribir en Markdown y probar a ver qué pasaba. Pues lo conseguí y enseguida os cuento cómo.

Necesitamos:

  • El document class según el que tenemos que escribir el artículo, en mi caso será la clase elsarticle, que es un paquete dentro de MikTeX directamente
  • El archivo de estilo de las citaciones para la revista en concreto. Lo podemos buscar en el repositorio de Zotero
  • La plantilla .latex en la que cargaremos paquetes, daremos formato … Tenéis la mía aquí (quitad el .tex si la queréis guardar que es solo para que me resalte la sintaxis)
  • Un archivo .bib donde tendremos los artículos para citar
  • Un archivo YAML para las opciones que queramos tener aparte, evitable si ponemos la info al principio del propio Markdown
  • Un Makefile
  • El archivo (o archivos) donde escribiremos el artículo en sí en Markdown

¿Os resulta conocido esto? Porque debería, ya que es de lo que hablábamos aquí y que he querido especificar para el caso concreto de un artículo de revista 😉

Tenemos varios problemas, si comparamos con el caso general en que queríamos sin más un pdf:

  • Tiene que poder ser compilado en una distribución de Latex estándar
  • La bibliografía hace cosas locas
  • Las imágenes eps también hacen cosas locas
  • Crossref nos pone fig. para las figuras y eq. para las ecuaciones y queremos Figure y Equation

La idea para solventar estas cosas es crear un archivo de Latex a partir del Markdown y luego compilar ese Latex en otro programa, en mi caso TeXStudio. Además nos hace falta que cambie los nombre de las figuras y ecuaciones, que quite citet y ponga cite y quite el  .bib del archivo de bibliografía (por algún motivo TeXStudio le añade otro  .bib detrás y la organiza). Para eso pasamos el tex generado por un buscar y reemplazar en plan pro que nos genera nuestro hermano teleco en el Makefile3:

En resumen, podemos usar la misma estructura de archivos que teníamos para el resto de nuestros documentos científicos (¡la tesis!) teniendo en cuenta un par de pequeños cambios en el Makefile y no tenemos por qué recordar la sintaxis de Latex que ya habíamos olvidado porque escribimos todo (hasta los mails) en Markdown. Y lo mejor de todo: una vez que tenemos esto hecho es perfectamente reutilizable para escribir miles de millones de artículos, eso sí, de Open Access a poder ser 🙂

Fuentes

Instrucciones de Latex de Elsevier

FAQ de la clase Elsarticle


  1. Como no tienen bastante con enriquecerse con tu curro encima tienes que hacerles el trabajo sucio y ponerles todo muy cuco y como ellos manden, ya véis que dura es la vida del investigador… 
  2. Digo formato Word y no doc o docx porque están claramente pensados para usarlos en Word y no en ninguna de las opciones libres. Si no me creéis haced la prueba. 
  3. Esto es un truco sucio pero nos vale para este caso y lo usaremos a falta de una solución mejor.

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Un pensamiento en “Lo que he aprendido: escribiendo un artículo científico en Latex y Markdown

  1. Pingback: Lo que he aprendido: evitar trucos sucios leyendo el manual | Onda Hostil

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